คณะรักษาความสงบแห่งชาติ หรือ คสช. เตรียมปรับโครงสร้างราชการครั้งใหญ่ โดยจะมีการตั้งหน่วยงานใหม่ เช่น กระทรวงน้ำ และกรมขนส่งทางราง เพื่อยุบรวมหน่วยงานที่ทับซ้อนกันให้มาอยู่หน่วยเดียวกัน โดยนายวิษณุ เครืองาม ที่ปรึกษา คสช. กล่าวในรายการ "อาทิตย์สโมสรกับวิษณุ" ทางTNN 24 ตอน "สภาปฏิรูปจะปฏิรูปอะไรบ้าง" ว่ามีการพูดถึงเรื่องของการปฏิรูประบบราชการ เพราะมีการพูดถึงเรื่องสองมาตรฐานซึ่งจะเท็จหรือจะจริงนั่นอีกเรื่องหนึ่งแต่ตราบใดที่มีคนบ่นอย่างนี้ยังเกิดความไม่พอใจไม่สบอารมณ์ต้องการเห็นความเปลี่ยนแปลงของระบบราชการ ปัจจุบันเรามีกระทรวงทั้งหมด 20 กระทรวง ซึ่งต้องพิจารณาว่าในแต่ละกระทรวงมีเหตุมีผลในการตั้งขึ้นมาเพียงพอหรือไม่ ทั้งนี้ มีการพูดถึงเรื่องว่าน่าจะตั้งกระทรวงทรัพยากรน้ำ เอาหน่วยงานที่เกี่ยวกับน้ำทั้งหมดมาไว้ด้วยกัน เพราะบทเรียนมหาอุทกภัยที่ผ่านมา หน่วยงานน้ำยังกระจัดกระจายกันอยู่ หากนำมารวมกันแล้วบริหารจัดการให้ดีก็น่าจะได้ประโยชน์ มีการพูดกันว่าอาจจะมีการตั้งกรมขึ้นมาสักกรมหนึ่ง เช่นกรมขนส่งทางราง กิจการที่ไม่ได้ขนส่งทางบกแต่เป็นการขนส่งทางราง หมายถึงรถไฟรางเดี่ยว รางคู่ แม้กระทั่งรถไฟความเร็วสูง หรือรถราง รถไฟฟ้า รถลอยฟ้า รถใต้ดินน่าจะมารวมกันที่กรมขนส่งทางราง โดยรัฐดูแลออกแบบวางมาตรฐานก่อสร้าง ดูเฉพาะเรื่องโครงสร้างพื้นฐานส่วนการเดินรถก็ให้เอกชนรับช่วงต่อ นายวิษณุ เครืองาม ยังกล่าวถึง กรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือ ดีเอสไอ ว่าออกแบบให้ทำคดีพิเศษที่ตำรวจปกติจะรับมือได้ยากไม่ใช่คดีอาชญากรรมธรรมดา แต่เมื่ออยู่ไปมักจะเหมาเอาหลายคดีเข้ามาเป็นคดีพิเศษจนกระทั่งไปถึงคดีที่ดูแสนจะธรรมดาก็ดึงมาเป็นคดีพิเศษเพื่อจะเอามาทำ คงต้องคิดกันเสียใหม่ว่าตกลงกรมสอบสวนคดีพิเศษตั้งขึ้นมาเพื่อจะทำอะไรแน่ "ส่วนกระทรวงการท่องเที่ยวและกีฬา หากย้อนไป 10 ปีที่ผ่านมา อาจจะมีความจำเป็นที่ต้องนำมาไว้ในกระทรวงเดียวกัน แต่ตอนนี้คงต้องทบทวนแล้วว่าท่องเที่ยวและกีฬาอยู่ในกระทรวงเดียวกันได้หรือไม่ เพราะในที่สุดข้าราชการในกระทรวงนี้ต้องแบ่งภาคความชำนาญยากมาก เพราะจะไปด้านการท่องเที่ยวหรือด้านกีฬากันแน่ เพราะด้านหนึ่งคือด้านของเศรษฐกิจ อีกด้านเป็นเรื่องของนันทนาการ สุขภาพและอนามัยและความเข้มแข็งของคนในชาติ ทั้งนี้รายงานข่าวแจ้งว่า หน่วยงานที่อาจต้องยุบรวมเข้าไปในกระทรวงทรัพยากรน้ำ ได้แก่ กรมทรัพยากรน้ำ กรมทรัพยากรน้ำบาดาล สำนักงานจัดการคุณภาพน้ำ กรมควบคุมมลพิษ กรมชลประทาน สำนักฝนหลวงและการบินเกษตร นอกจากนี้ยังมีรัฐวิสาหกิจของกระทรวงมหาดไทยด้วย ได้แก่ การประปานครหลวง การประปาส่วนภูมิภาค กรมโยธาธิการและผังเมือง ส่วนหน่วยงานที่สังกัดกระทรวงคมนาคมที่จะต้องโอนย้ายมา คือ สำนักพัฒนาและบำรุงรักษาทางน้ำ และกรมการขนส่งทางน้ำ